A lo largo de su extensa trayectoria en el ámbito de la Justicia federal, Claudio Bonadio resolvió casos delicados además de los conocidísimos expedientes emblemas contra el kirchnerismo, Cuadernos, Hotesur, Memorándum y Dólar Futuro. 

También tuvo a su cargo renombradas causas como AMIA, Curtiembre Yoma y Tandanor, la Tragedia de Once, PAMI, FIFA, Papel Prensa, Plan Qunita, lavado de dinero contra Alberto Nisman y Gas Natural Licuado, entre otras.

AMIA

En 2005, el juez fue removido del expediente por falta de imparcialidad. Los jueces de la Cámara Federal de Casación Penal - Jorge Rimondi, Gustavo Bruzzone y Carlos González-, manifestaron que Bonadio debería haberse excusado de participar en la causa, ya que en la misma estaban involucrados su colega Juan José Galeano y Carlos Corach. En su momento, Bonadio había sido el segundo de Corach en la Secretaría Legal y Técnica de la Presidencia, durante el gobierno de Carlos Menem. Asimismo, el tribunal sostuvo que había actuado como juez sobre las denuncias de encubrimiento que pesaban sobre él mismo.

Cinco años después - en 2010 -, en la causa AMIA 2, el fiscal Alberto Nisman lo denunció por mensajes intimidatorios y por el supuesto peligro que vivían sus hijas.

Curtiembre Yoma y Tandanor

Durante la década del ´90, los bancos del Estado le dieron $180 millones en créditos sin las garantías necesarias a la curtiembre Yoma. El dueño era el funcionario menemista, Emir Yoma. Bonadio estaba a cargo del expediente, sin embargo, no realizó ninguna investigación. Finalmente, la causa prescribió.

En otra causa en la que se mantuvo inactivo fue en la denuncia sobre la privatización de ocho hectáreas de la empresa estatal Tandanor. Un día después de que prescribiera, el juez la elevó a juicio oral.

PAMI

También en los`90, Bonadio estuvo a cargo de la causa seguida por corrupción contra Víctor Alderete -había sido interventor del PAMI-, de quien el juez fue señalado como su protector.

En 2004, la Oficina Anticorrupción (OA) denunció al juez por “incumplimiento de deberes, prevaricato y tráfico de influencias”, en una causa para beneficiar al exfuncionario del PAMI. El informe de la OA planteaba que el juez no había citado a un funcionario vinculado a Menem, ya que le había dado su palabra a  Corach.

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Tragedia de Once

En febrero de 2013, Bonadio elevó a juicio la causa que investigada el choque de una formación del tren Sarmiento en la estación Once, que dejó un saldo de 51 muertos. Entre los 28 procesados estuvieron el maquinista Marcos Córdoba y los exministros Ricardo Jaime y Juan Pablo Schiavi, entre otros. La causa tuvo 21 condenas en primera instancia, de las cuales 20 fueron ratificadas en la apelación.

Los condenados fueron Julio De Vido -exMinisterio de Planificación-, Juan Pablo Schiavi -exsecretario de Transporte de la Nación-, Ricardo Jaime -exsecretario de Transporte antes de Schiavi-, Sergio Claudio Cirigliano -expresidente de la empresa TBA-, Marcelo Alberto Calderón -exdirector de Cometrans- y Marcos Antonio Córdoba -maquinista-. Además de ejecutivos de TBA y miembros de Cometrans.

A raíz de la muerte del juez, los familiares y amigos de las víctimas enviaron sus condolencias ante el conocimiento de la muerte del juez. “Hoy el Dr. Bonadio ha fallecido. Con él se va una persona central en este camino que todavía no termina. Quizás pronto la Justicia honre finalmente todo su trabajo. QEPD”, sostuvieron a través de un comunicado.

Gas Natural Licuado

A finales de 2019, el juez elevó a juicio a esta causa. En el expediente se investigan supuestas irregularidades en la importación de Gas Natural Licuado. En ella están procesados Julio De Vido -exministro de Planificación Federal- y Roberto Baratta, entre otros exfuncionarios. Con la elevación pasará al Tribunal Oral Federal 7, integrado por los magistrados Fernando Canero, German Castelli Enrique Signori.

Plan Qunita

En 2016, el juez elevó a juicio oral la causa contra Aníbal Fernández y Daniel Gollán por el presunto pago de sobreprecios en las contrataciones del Plan Qunita durante el kirchnerismo. En el expediente sobreseyó al gobernador de Tucumán Juan Manzur. El conflicto se suscitó en ese entonces porque el fiscal Sergio Rodríguez quería la inclusión de Manzur en el juicio oral y la resolución en donde se lo sobresee no le había sido notificada.

Plan Qunita a juicio oral.

Lavado de dinero

En 2015, el magistrado tuvo en sus manos la investigación de la causa por lavado de dinero que pesaba contra el fiscal Alberto Nisman. En el expediente también están involucrados la madre y hermana del fiscal, su ex mujer y madre de sus hijas, la jueza Sandra Arroyo Salgado; y Diego Lagomarsino. Todos eran sospechosos de haber fugado dólares a una cuenta en Nueva York del Merrill Lynch.

Papel Prensa

En la causa de Papel Prensa, Bonadio procesó a Guillermo Moreno -exsecretario de Comercio- y a Alejandro Vanoli -extitular de la Comisión Nacional de Valores- por el delito de abuso de autoridad. A ambos se los imputó por haber ideado maniobras para afectar a distintas empresas del Grupo Clarín SA. Para ello, consideró que habían dictado resoluciones arbitrarias que perjudicaron a Papel Prensa y a Arte Gráfico Editorial Argentino SA.