A pesar de que Sergio Maldonado confirmara que el cuerpo hallado por la Prefectura Naval Argentina efectivamente corresponde a su hermano Santiago, aún queda por investigar cómo murió el artesano, datos que probablemente serán revelados en la autopsia. 

¿Fue plantado el cuerpo? ¿Se trató de un exceso de violencia de la Gendarmería? ¿Había una orden "desde arriba" para reprimir? ¿Cómo murió Santiago? Todas las preguntas responden a distintos gendarmes o funcionarios. 

Patricia Bullrich

La actual ministro de Seguridad de la Nación fue la principal acusada desde un primer momento. En la primera marcha por la desaparición del artesano, la familia de Maldonado pidió el desplazamiento de Bullrich de su cargo. Desde la comunidad mapuche aseguran que la represión que sufrieron es producto de "un plan sistemático" encabezado por la ministro.

Guido Otranto

El juez Guido Otranto fue el primero en estar a cargo de la causa. La Cámara Federal de Apelaciones de Comodoro Rivadavia lo apartó de la investigación alegando "temor de parcialidad", en orden con las sospechas de la familia de Santiago. Desde un primer momento, el magistrado consideró que la hipótesis más probable era que el artesano se hubiese ahogado. Su separación de la causa se produjo el 22 de septiembre y fue reemplazado por Gustavo Lleral.

Pablo Noceti

Pablo Noceti es el jefe de gabinete del Ministerio de Seguridad a cargo de Patricia Bullrich. El funcionario se encontraba en Cushamen el día de la desaparición de Santiago Maldonado. Actualmente, se investiga si Noceti dio órdenes a la Gendarmería para actuar en contra de la comunidad mapuche. Además, se sospecha que fue quien alertó a la fuerzas policiales sobre los peritajes de las camionetas que fueron "limpiadas".

Neri Armando Robledo

El gendarme reconoció que le dio un piedrazo a uno de los encapuchados que cruzaban el río Chubut. Robledo, de 27 años, formaba parte del grupo que corrió a los manifestantes de la protesta mapuche el 1º de agosto. La participación del oficial en el operativo estuvo oculta por un tiempo.

Luego de algunas investigaciones, se determinó que no eran siete, sino ocho, los gendarmes que participaron, siendo Robledo la pieza faltante. Además, el oficial pidió licencia inmediatamente después del operativo por la "enfermedad de su padre". De todos modos, el gendarme confirmó que la persona a quien impactó en la espalda, logró cruzar el río y lo insultó desde la orilla opuesta.

Emmanuel Echazú

El subalferez declaró haber sido herido por una piedra que le causó una doble fractura de mandíbula durante el procedimiento en la ruta 40. Sin embargo, Echazú siguió en el operativo y se investiga si podría haber herido a uno de los manifestantes. También fue el encargado de realizar el acto de desalojo.

El defensor oficial de la Justicia Federal en Esquel, Fernando Machado, declaró que los dichos del subalferez no se correspondían con los de sus colegas. "Hay un grupo que llegó al río y no está claro qué hicieron ahí. Se sabe que Echazú mintió. Hay dos testimonios de los propios compañeros que contradicen su versión en la que dice que recibió un piedrazo en el rostro antes de avanzar con los demás gendarmes”, dijo Machado.

Darío Rafael Zoilán

El 16 de septiembre, Zoilán declaró frente el Departamento de Seguimiento de Causas de Violencia Institucional y Delitos de Interés Federal del Ministerio de Seguridad. El cabo reconoció haber efectuado "uno o dos disparos" con postas de goma, a seis metros de distancia, a través de una barrera tupida de sauces, a un manifestante que cruzaba el río.